Am 01.07.2019 ließ des Erzbistum Berlin in den Medien verbreiten, dass die Demontage der Klais-Orgel begonnen hat. Es wird der Eindruck erweckt, als würde das kostbare Instrument nach dem von Erzbischof Koch beabsichtigten Totalumbau der Kathedrale wieder aufgebaut werden. In Wahrheit wird das als "Schwalbennestorgel" über dem Hauptzugang zum Kirchenraum schwebende Instrument entfernt. Es war bei den Umbauplänen nicht berücksichtigt worden und ist nun im Wege. Deshalb wird es einfach entsorgt werden und soll durch ein dreiteiliges neues Werk ersetzt werden, das in einem Rundbau aus akustischen Gründen ungeeignet wäre. Die renommierte Bonner Orgelbaufirma Klais hatte  nicht ohne Grund für den Innenraum der Hedwigskathedrale eine kompakte Bauweise gewählt, die mit erheblichem Aufwand verbunden war.

Am 02.09.2018 brachte der Domorganist Thomas Sauer letztmals in einem öffentlichen Konzert im unversehrten Innenraum der Hedwigskathedrale die Große Klais-Orgel zum Klingen. Sie wird für immer verstummen, wenn es nach den Plänen des Erzbistums Berlin geht.